Przebieg projektu i założenia badawcze
Badacze sprawdzili, czy model językowy potrafi pomóc w projektowaniu cząsteczek wiążących się z toksynami. Ukąszenia skorpionów stanowią problem zdrowotny na obszarach z ograniczonym dostępem do opieki medycznej, a tradycyjne surowice są drogie i trudne w produkcji. Współpraca z firmą analityczną dotyczyła stworzenia białek wiążących toksyny odpowiedzialne za zaburzenia pracy układu nerwowego.
Model pracował przez określony czas, korzystając z instrukcji i czterech dodatkowych poleceń sterujących. System przeanalizował dane, wygenerował wykresy i przygotował raport. W ramach kampanii projektowej system wygenerował setki tysięcy struktur białkowych, z których wyselekcjonowano pulę do dalszych testów laboratoryjnych.
Testy laboratoryjne i weryfikacja wiązania
Laboratoria partnerskie przetestowały przygotowane projekty pod kątem wiązania z wybranymi toksynami. Proces ten wykorzystywał systemy bezkomórkowe oraz komórki nerek ssaków. Do pomiaru siły wiązania użyto rezonansu plazmonu powierzchniowego, który rejestruje czas przyłączania i odłączania toksyny.
Kryteria kwalifikacji wymagały potwierdzenia wiązania w obu niezależnych laboratoriach oraz braku reakcji z niezwiązanymi białkami ludzkimi. Z ponad dwustu testowanych projektów dokładnie 17 spełniło przyjęte kryteria dla pojedynczej toksyny. Najsilniejsze cząsteczki osiągnęły wysokie parametry powinowactwa.
Ograniczenia i dalsze kroki badawcze
Eksperyment potwierdził wiązanie z toksynami pozyskanymi metodami inżynierii genetycznej, jednak autorzy nie testowali neutralizacji jadu w środowisku komórkowym ani na żywych organizmach. Dalsze prace wymagają potwierdzenia skuteczności na naturalnych toksynach oraz przeprowadzenia testów elektrofizjologicznych.
Wszystkie dane oraz kody projektowe udostępniono publicznie jako zasób dla społeczności naukowej. Opracowane cząsteczki stanowią wczesny etap prac.
